Neben der Lohnsteuer ist auch die Kirchensteuer, soweit es sich um einen kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmer handelt, vom Arbeitgeber einzubehalten und an das Finanzamt abzuführen. Die Kirchensteuerpflicht ergibt sich aus der Eintragung in der Lohnsteuerkarte. Bei einer Lohnsteuerpauschalisierung, das heißt ohne Vorlage einer Steuerkarte ergibt sich der Beitrag ebenfalls pauschal. Die Höhe der Kirchensteuer sowie die Berücksichtigung von Mindestkirchensteuer und Kappung der Kirchensteuer ist in den einzelnen Ländern unterschiedlich geregelt.

Bemessungsgrundlage für den Abzug der Kirchensteuer ist die einzubehaltende Lohnsteuer. Ab 1.1.1996 werden die Kinderfreibeträge nur noch bei der Berechung der Kirchensteuer mitberücksichtigt, d.h. bei der Ermittlung der für die Kirchensteuer maßgebenden Bemessungsgrundlage wird der Kinderfreibetrag vom zu versteuernden Einkommen abgezogen und danach die Steuer, oder besser Bemessungsgrundlage für Kirchensteuer und Solidaritätszuschlag per Lohnsteuerberechnung ermittelt.

Ein halber Kinderfreibetrag beträgt monatlich 242,- EURO und ist entsprechend auf das Jahr (2904,- EURO) hochzurechnen.

Der eigentliche Lohnsteuerabzug erfolgt ohne Beachtung der Kinderfreibeträge, da seit dem 01.01.1996 der Kinderlastenausgleich über das Kindergeld erfolgt.